优越的自然条件为野生动植物造就了良好的栖息环境，宝兴县野生动植物资源十分丰富，是大熊猫的发现地和模式标本产地。据不完全统计，现有脊椎动物378种，其中鱼类7种，两栖类14种。境内主要分布有大熊猫、金丝猴等国家一、二级重点保护动物43种。

植物种类有160多科560多属1050种，其中有许多是具有研究价值的古老残存珍贵植物，主要有珙桐、连香、银杏、水青、金缕梅、岩虱子、宝兴杜鹃、宝兴百合花等30多种，以“宝兴”命名的植物达30余种。