根据政策规定，在一个纳税年度内，纳税人的未成年子女发生的与基本医保相关的医药费用支出，扣除医保报销后，个人负担累计超过15000元的部分，由纳税人或其配偶在办理年度汇算清缴时，在80000元限额内据实扣除。通常情况下，纳税人在年度终了即可在国家医保平台APP查看子女的医疗费用信息以及符合个税大病医疗个税抵扣政策的金额信息。
您的情况比较特殊，孩子出生还没有办理户口就发生了医疗费用，这种情况下您的孩子可能有多个医保档案，可以通过以下两种方式办理：一是前往医保部门，提供资料合并子女各个证件的医保档案后，再查阅确认国家医保平台APP的相关金额信息，在办理个税汇算清缴时扣除。二是前往办税服务厅，可直接提交医疗结算相关证据资料进厅办理。